В 2021 году ООО «Экопроект» стал одним из операторов федерального проекта «Чистая Арктика».
В его задачи вошли: организация проектного офиса и организационно-техническая поддержка экспедиций в субъекты Арктической зоны Российской Федерации. Проект реализуется совместно с АНО «Чистая Арктика».